Présenté par Bayer Cropscience
Test préventif de Fusarium pour les oignons
L’institut de recherche HLB – De Groene Vlieg propose depuis plusieurs mois un nouveau service : une analyse de sol pour détecter le Fusarium. « Ce test permet aux producteurs d’oignons d’évaluer le risque de maladie dans leurs champs pour la prochaine saison », explique Sanne Graafstra, responsable de compte et impliquée dans le développement et le déploiement du test. Bayer CropScience l’a interviewée.
Le test de Fusarium est réalisé sur les parcelles enregistrées auprès de nos services par les agriculteurs. Deux sous-échantillons sont prélevés à partir d'un même échantillon de sol. L'un est analysé immédiatement pour détecter la présence de Fusarium, tandis que l'autre est mis en culture pendant trois jours à 25 degrés, créant ainsi un environnement optimal pour le développement du champignon. Si le champignon est présent en quantité insuffisante dans l'échantillon analysé directement, il peut être détecté grâce à l'échantillon mis en culture. Cette méthode permet de déceler même de très faibles niveaux de contamination.
La technique PCR est utilisée pour les tests. Il s'agit d'une technique mondialement connue qui permet de détecter des fragments de matériel génétique (ADN) à de très faibles concentrations. « Nous utilisons la technique PCR depuis de nombreuses années pour identifier les nématodes Globodera pallida et mettre en évidence la présence de virus dans les tubercules de pomme de terre. Et maintenant, également pour détecter le champignon Fusarium oxysporum f. sp. cepae. »
Le test est-il fiable ?
La technique PCR est extrêmement fiable. Cette espèce spécifique de Fusarium est détectée parmi tous les champignons présents dans l'échantillon de sol. Le seul risque potentiel pour la fiabilité des résultats réside dans le prélèvement lui-même. Conformément au protocole établi par l'Université de Wageningen (Wageningen UR), un échantillon doit être prélevé pour un maximum de 4 hectares. Si ce prélèvement est effectué correctement et avec rigueur, l'analyse de la présence de Fusarium est fiable. Afin de garantir le respect scrupuleux de ce protocole et d'éviter au maximum les analyses et les rapports erronés, les prélèvements sont actuellement effectués par des employés de HLB - De Groene Vlieg.
Le test permet – comme vous le décrivez vous-mêmes – d’« évaluer le risque de maladie de la parcelle d’oignons prévue ». Dans quelle mesure concrétisez-vous cette évaluation pour le producteur ?
D'après notre analyse, chaque échantillon est classé selon son niveau d'infection. Il en existe actuellement cinq : infection indétectable, infection légère, infection modérée, infection forte et infection très forte. Un rapport simple et concis indique au producteur la classe à laquelle son échantillon a été attribué.
Fournissez-vous également des conseils sur la meilleure façon pour le producteur de procéder en fonction de la classe d'infection indiquée ?
Non, nous indiquons actuellement uniquement la classe d'infection. Le groupe de recherche Uireka nous a mandatés pour réaliser ce test à plus grande échelle. Le modèle de conseil reste à développer. Par conséquent, l'interprétation des résultats incombe actuellement au producteur lui-même, qu'il consulte ou non son conseiller. En fonction des résultats, il peut, par exemple, changer de parcelle ou adapter son choix de variétés. Cela peut également l'inciter à adopter une approche culturale différente, par exemple en cultivant les oignons sur billons.
Quoi qu'il en soit, tout conseil concernant la fusariose de l'oignon demeure très complexe. De nombreux facteurs entrent en jeu dans la prédiction de la maladie : les conditions météorologiques, la rotation des cultures et l'historique de la parcelle. Sans oublier le rôle des cultures de couverture et des adventices comme plantes hôtes du champignon. Comment pondérer et évaluer ces différents facteurs ?
Je considère le test de fusariose comme un outil supplémentaire permettant aux producteurs d'évaluer le risque de fusariose. Ni plus, ni moins. Cela n'enlève rien à notre volonté d'approfondir nos connaissances sur cette maladie, notamment grâce aux producteurs ayant déjà fait réaliser le test. C'est pourquoi, cet automne, nous prévoyons de leur envoyer un questionnaire afin de traduire la classe de risque en conseils. Comment les oignons ont-ils été cultivés ? Des mesures spécifiques contre la fusariose ont-elles été prises ? Quelles observations avez-vous faites sur le lot issu d'une parcelle testée ? Ces questions permettront d'affiner le test et d'orienter plus efficacement les décisions des producteurs.
Quand est-il judicieux de faire réaliser un test de dépistage du fusarium ?
« Je dirais que c'est judicieux pour toutes les parcelles où l'on cultive des oignons. Le fusarium est présent dans tous les sols et peut donc, surtout dans des conditions défavorables, se développer fortement n'importe où. L'année dernière, nous avons vu plusieurs exemples de lots qui semblaient parfaitement sains au moment du stockage, mais qui, quelques semaines plus tard, ont dû être nettoyés et présentaient une importante infestation. Ce genre de problème coûte cher au producteur. En résumé, le fusarium est et reste un champignon très difficile à détecter, et un test avant la culture permet au moins de mieux évaluer les risques. »
Combien de temps faut-il aux agriculteurs pour recevoir les résultats ?
En général, cela prend deux à trois semaines. Ce délai dépend notamment du nombre d'échantillons reçus. Si le nombre d'échantillons reçus est important sur une période donnée, nous pouvons remplir une plaque d'échantillonnage plus rapidement. Plus vite la plaque est remplie, plus vite nous pouvons analyser et communiquer les résultats.
Quel est l'intérêt suscité par ce test ?
Depuis début novembre, date à laquelle nous avons commencé à proposer ce test, nous en avons réalisé plus de deux cents (jusqu'à la deuxième semaine de février). De nombreux échantillons proviennent de régions de culture d'oignons plus anciennes ou plus intensives, comme la Zélande et le Flevoland. Mais nous recevons également des demandes d'analyse de la part de régions de culture plus récentes, situées sur les sols sableux de l'est et du sud. Comme indiqué précédemment, le fusarium est présent dans tous les sols, même en l'absence d'antécédents de culture d'oignons.
Les tests de terrain sont-ils réservés aux producteurs d'oignons, ou d'autres parties sont-elles également intéressées ?
La grande majorité des échantillons de sol – environ 95 % selon mes estimations – proviennent de producteurs d'oignons. Mais nous effectuons également des analyses pour d'autres parties intéressées. Par exemple, l'hiver dernier, nous avons réalisé plusieurs analyses sur des parcelles d'essai d'oignons appartenant à des fabricants de pesticides, ainsi que sur des parcelles où ils souhaitent cultiver des bulbes mères pour la production de semences d'oignons.
Quelles sont vos attentes concernant ce test pour les années à venir ?
La fusariose demeure un sujet brûlant dans la culture de l'oignon, surtout les années où elle se manifeste à grande échelle. Nous le constatons également au sein d'Uireka, où la recherche sur la fusariose est une priorité absolue. Nous espérons que, dans les années à venir, grâce aux données fournies par les producteurs ayant réalisé le test, nous pourrons contribuer à une meilleure maîtrise de la maladie et, à plus long terme, à l'élaboration d'un système de conseil à leur intention.
Enfin : quel est le coût du test de dépistage du fusarium ?
L'évaluation complète – échantillonnage, analyse et rapport – coûte 200 € pour les parcelles jusqu'à 4 hectares. Au-delà, le coût est majoré de 155 € par tranche de 4 hectares. Pour une parcelle de 10 hectares, par exemple, cela représente 200 € + 155 € + 155 € = 510 € par hectare.
